يقدم القسم برنامجين للماجستير، الأول في مجال علوم الحاسب والثاني في مجال تطبيقات الحاسب وإدارة النظم. تم تصميم كلا البرنامجين لتزويد الخريجين بالأساس العلمي والمهارت العملية التي يحتاجها سوق العمل في هذه المجالات. يتعاون القسم مع المؤسسات الأخرى في المملكة العربية السعودية وخارجها، وأبوابه مفتوحة دائما للاتصال والتعاون مع الأفراد الجهات المهتمة بمجال الحاسب.